指南

上传 count 矩阵并做差异表达

基因列为第一列,样本列名带分组;CiteLab 跑 Welch t + BH,不手写 DESeq2。

相关方法: 转录组差异表达

你需要准备什么

一张基因 × 样本的 count 表(CSV)。第一列是基因名,其余列是样本。列名里带 `ctrl` / `treat` 或 `control` / `treatment` 时会自动分组。

Excel 请另存为 CSV。当前分析室不在浏览器里跑 pyDESeq2,方法固定为 **Welch t + BH FDR(log2(count+1))**。

步骤

  1. 首页选择「转录组差异表达」,或工作区点「添加数据或方案」。
  2. 写清对照与处理。若列名已足够,可直接开始。
  3. 先看结果台的火山图和显著基因,再决定要不要富集或文献锚定。
  4. 结论里必须出现方法、每组 n、|log2FC| 与 padj 阈值。

不要做的事

不要让模型在对话里写 DESeq2 / limma 脚本。生物学机制必须等文献工具返回 PMID/DOI。

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