CiteLab生物医学实验分析室 · 先算出结果，再引用原文

技术架构

CiteLab 是独立的生物医学实验分析室。运行时是 Vercel 上的 Next.js 与 AI SDK：确定性统计与文献 API 在服务端执行，不进入容器沙箱。

产品边界

做什么

转录组差异表达、GO/KEGG、表型/qPCR 探查、PubMed/OpenAlex 文献、研究空白核实、实验设计、方案审阅、补实验与正交验证。

不做什么

不手写 DESeq2/limma；不编造 GO/KEGG/PMID/DOI；不把观察性设计升级成因果；不发明湿实验配方、抗体货号或引物序列。

请求路径

浏览器（Source Serif 4 + 实验记录本）
  首页 composer 选方法，开始分析才进工作区
        │
        ▼
Next.js App Router  ·  apps/citelab
  cookie 会话（scrypt）
  POST /api/chat  →  hold 200 积分
        │
        ▼
AI SDK 7  streamText + tools  （DeepSeek OpenAI-compatible）
  inspect_dataset / profile_table
  run_deg_analysis     Node Welch t + BH FDR，log2(count+1)
  run_enrichment       Ma'ayan Enrichr HTTP
  ground_findings_in_literature / search_papers_v2
                       NCBI E-utilities → OpenAlex
  read_protocol
  suggest_followup_experiments
        │
        ▼
settleCharge（工具单价 + token）或失败 releaseHold
结果台渲染火山图 SVG、基因、通路、PMID 卡片、补实验清单

运行时与部署

  • Next.js 16 App Router，Vercel Root Directory = apps/citelab。
  • 独立安装依赖，不与其它应用共用构建图。
  • AI SDK streamText / tool / isStepCount(8)，最长 120 s。
  • 模型：DeepSeek OpenAI-compatible；密钥只在服务端环境变量。
  • 数据库：Neon/Postgres；本地无 DATABASE_URL 时用进程内存储。
  • 对象存储：当前分析产物（火山图 SVG、工具 JSON）走响应流，不进沙箱。

认证与积分

  • 自建 cookie 会话 + scrypt，不是 better-auth。
  • 注册赠送 2500 积分 / 30 天（可用环境变量覆盖）。
  • 每轮对话先冻结 200 积分；工具成功后按目录结算，失败释放。
  • 结账 API POST /api/payment/checkout 只认 product_id。
  • 支付网关目前为空：登记订单，checkout_url 恒为 null。接入你的商户后，钱进你的账户，再经 webhook 发放积分。

工具单价

  • agent.tool.search_openalex → 10 积分
  • agent.tool.search_pubmed → 10 积分
  • agent.tool.search_papers_v2 → 30 积分
  • agent.tool.run_deg_analysis → 40 积分
  • agent.tool.run_enrichment → 30 积分
  • agent.tool.ground_findings_in_literature → 30 积分
  • agent.tool.suggest_followup_experiments → 20 积分
  • agent.tool.inspect_dataset → 10 积分
  • agent.tool.profile_table → 20 积分

分析方法（可落地、可审计）

差异表达

基因 × 样本 count CSV。列名含 ctrl/treat 时自动分组。对 log2(count+1) 做 Welch t，BH FDR。阈值默认 |log2FC|≥1 且 padj<0.05。已有 DEG 表（含 log2FoldChange 与 padj）只画火山图。

富集

Enrichr：GO BP/MF 2023 与 KEGG 2021 Human。空列表或服务失败如实返回，禁止编造通路。上下调应分开富集。

文献

先 NCBI E-utilities，不足再 OpenAlex。只引用返回的 PMID/DOI。零命中写「证据不足」。找不到文献 ≠ 新颖。

实验

补实验规则映射 n<3、无批次、零显著、富集空白、缺正交验证。方案审阅只读上传文本。不发明湿实验步骤。

工作台交互

  • 左侧 232px 分析室导航：新建分析、指南、架构、分析记录、可用积分。
  • 首页 composer-first：选方法留在首页，只有「开始分析」进入工作区。
  • 工作区：对话列（横格纸）+ 结果台（火山图 / 基因 / 通路 / 文献卡片）。
  • 话术：新建分析、可用积分、正在分析、发送 / 停止、添加数据或方案。
  • 字体 Source Serif 4 + IBM Plex Mono，纸色 / 砖红。

技能（写入系统提示，不是网页分类）

  • biomedical-deg · biomedical-enrichment · dataset-eda
  • literature-grounding · research-design · experiment-review

文件约定

  • 表格：CSV/TSV。Excel 请另存为 CSV。
  • 方案：txt/md 或粘贴。PDF/Word 请先导出文本。
  • 演示数据：/demo-counts.csv（ctrl_1–3 / treat_1–3）。

仓库结构

公网应用在 apps/citelab，独立依赖、独立 Vercel 项目。竞赛部署只发布这一层。